Здание, где сейчас находится Театр на Таганке, было построено в 1912 году архитектором Густавом Гельрихом на месте бывших мучных лавок купца Кочергина по заказу купчихи Дарьи Платовой для одного из самых больших синематографов Москвы, с рестораном и оркестром, – электро-театра «Вулкан».  Кинозал пришелся как раз на незастроенный внутренний двор. Театральная история в этом здании началась в 1917 году. Названия менялись один за другим: театр Рогожско-Симоновского района под руководством Льва Прозоровского, Опытно-героический театр, основанный актёром и художником Камерного театра Борисом Фердинандовым и поэтом-имажинистом и драматургом Вадимом Шершеневичем, с 1922 года - Студия Малого театра, которой было поручено обслуживать рабочие районы вокруг Таганской площади (спектакли часто переносились с основной сцены или, напротив, выпускались в этом филиале, а потом переносились на основную сцену), она же Театр имени Александра Сафонова. Периодически на этой сцене играли свои спектакли студийцы Евгения Вахтангова. Здесь выступали, в частности, Михаил Жаров, Михаил Мухин, Игорь Ильинский. Шла «Копилка» Э. Лабиша, которую «переделал в стихи» Николай Эрдман - спустя сорок лет он станет членом худсовета и одним из самых важных людей в театре Юрия Любимова, который только в 1990 году сможет осуществить свою мечту и поставить эрдмановского «Самоубийцу»…

В 1946 филиал Малого театра переехал на Большую Ордынку, а помещение было отдано вновь образованному Театру драмы и комедии во главе с Александром Плотниковым (одним из первых выпускников ГИТИСа, которого Мейерхольд приглашал на пробы Хлестакова, что уже говорит о природе его дарования). Пафосная, патетическая манера спектаклей Плотникова была объяснима сразу после войны, но со временем театр стал терять свою популярность, и в 1963 году он сам написал заявление об уходе. Вместе с тем, в его театре ставили такие режиссеры, как Серафима Бирман («Скандальное происшествие с мистером Кэттлом и миссис Мун» Д. Пристли), Петр Фоменко («Микрорайон» по Л. Карелину, «Дознание» П. Вайса и т.д.). 

В январе 1964 года был представлен новый директор – бывший артист Театра им. Станиславского Николай Лукьянович Дупак, а вслед за ним и новый главный режиссер Юрий Петрович Любимов. Вся Москва уже несколько месяцев ломилась на его дипломный спектакль «Добрый человек из Сезуана», поставленный на курсе Анны Орочко. Было принято решение перенести этот спектакль в Театр на Таганке, куда с курса Орочко взяли на работу сразу девятерых выпускников. Юрий Петрович не разрешил писать на афишах свои титулы и звания, полученные во время работы актером, как бы начав с нуля свой режиссерский путь. Так в театре началась эра Юрия Любимова – поэтического, метафорического, исполненного гражданского пафоса и площадного накала, находившего яркую театральную форму и обращенного к экзистенциальным вопросам жизни, взрастившего целое созвездие актеров-мыслителей, актеров-поэтов, актеров-авторов: Владимир Высоцкий, Зинаида Славина, Леонид Филатов, Валерий Золотухин, Алла Демидова, Вениамин Смехов, Иван Бортник, Борис Хмельницкий, Николай Губенко, Семен Фарада, Расми Джабраилов, Иван Дыховичный, Готлиб Ронинсон, Юрий Смирнов, Татьяна Сидоренко, Любовь Селютина, Мария Полицеймако, Виталий Шаповалов, Нина Шацкая, Феликс Антипов, Алексей Граббе, Александр Трофимов и другие. В разные годы в Театре на Таганке играли Станислав Любшин, Александр Калягин, Александр Филиппенко, Юрий Беляев, Анастасия Вертинская, Константин Желдин, Александр Пороховщиков…

В Театре на Таганке Юрий Любимов поставил 60 спектаклей, среди которых две постановки «Доброго человека из Сезуана», «Антимиры», «Десять дней, которые потрясли мир», «Жизнь Галилея», «Послушайте!», «Пугачев», «Живой», «Берегите ваши лица», «А зори здесь тихие», «Гамлет», «Дом на набережной», «Братья Карамазовы», «Медея», «Мед», «Антигона», «Маска и душа», «Владимир Высоцкий». 

В 1984-89 годах Юрий Любимов жил и работал заграницей. Главным режиссером театра был назначен Анатолий Васильевич Эфрос, который поставил здесь спектакли «Вишневый сад», «На дне», «У войны – не женское лицо», «Прекрасное воскресенье для пикника», «Полтора квадратных метра» и «Мизантроп». Когда руководителем страны стал Михаил Горбачев, Эфрос подписал коллективное письмо актеров Таганки за возвращение Юрия Любимова. 

В 1987 году, после ранней смерти Анатолия Эфроса, театр возглавил Николай Николаевич Губенко. В 1992 в результате раскола труппы путем тайного голосования было принято решение о разделе театра. В апреле 1993 года был образован новый театр «Содружество актеров Таганки», который занял Новую сцену театра. В 2011 году Юрий Любимов оставил руководство Театром на Таганке, и исполнение обязанностей художественного руководителя возложили на Валерия Золотухина, который оставался на этом посту до марта 2013 года и покинул его по состоянию здоровья. Директором театра стал Владимир Флейшер. В период его руководства в театре состоялся проект «Группа юбилейного года» (спектакли, выставки, акции), посвященный пятидесятилетию великого и осиротевшего театра, осмыслению его влияния на театр сегодняшний, своего рода «память-дистанция».

В 2015 году в жизни Театра на Таганке начались коренные изменения. Директором театра стала актриса, режиссер, телеведущая, продюсер Ирина Апексимова. В первый же год ее прихода стартовал проект «Репетиции», открывший двери всем желающим предложить театру свои идеи. «Репетиции» (лауреат театральной премии «Московского комсомольца» в номинации «Проект года») существуют до сих пор, а театральный репертуар пополнился благодаря им несколькими новыми спектаклями, среди которых «8 (Восемь)» Сергея Чехова, «Старший сын» Дениса Бокурадзе, «Леди Макбет Мценского уезда» Олега Ерёмина. Театр на Таганке стал активно приглашать к сотрудничеству интересных режиссеров среднего поколения, среди которых Андрей Гончаров, Константин Богомолов, Марфа Горовиц, Алексей Франдетти, Георгий Сурков, Денис Азаров, Максим Диденко, Дайнюс Казлаускас, Александр Баркар, Денис Бокурадзе, Денис Хуснияров, Данил Чащин, Сергей Чехов, Лера Суркова, Сергей Трифонов, Андрей Кайдановский, Юрий Муравицкий. А также делать ставку на поиск новых пьес и имен, развитие музыкального направления и культурный диалог со своим наследием. Два спектакля Театра на Таганке – «Беги, Алиса, Беги» и «Суини Тодд, маньяк-цирюльник с Флит-Стрит» - стали лауреатами Национальной театральной премии «Золотая маска». 

В 2021 году в жизни театра произошло знаменательное событие. Было принято решение об объединении двух коллективов спустя тридцать лет после раскола. В 2022 году в состав Театра на Таганке вошел театр «АпАРТе», образовав новую «сцену на Факельном», ставшую центром масштабного проекта «Ликбез».