Официально о музее было заявлено 25 мая 1992 — изначально как филиала Свердловского областного краеведческого музея (до 1999 года). Музей размещается в самом центре исторической застройки города Екатеринбурга, на территории усадьбы бывшей аптеки Екатеринбургского горного ведомства, построенной по проекту известного уральского архитектора Михаила Малахова в 1821 году. Несмотря на позднейшие переделки, комплекс сохранил типичный для времени постройки облик городской усадьбы эпохи классицизма. Ныне здание музея является памятником архитектуры федерального значения.

Основная экспозиция музея знакомит посетителей с историей художественной обработки камня XIX — начала XX века, малахитовыми изделиями, работами завода «Русские самоцветы» в XX веке и современным авторским камнерезным и ювелирным искусством.

Предметом гордости музейного собрания являются камнерезные и ювелирные изделия всемирно известной фирмы К. Фаберже (их можно увидеть в Золотой кладовой). А с 2015 года большой популярностью пользуется Изумрудная комната. Для юных посетителей постоянно работает Бажовский зал, объединивший удивительные произведения из металла и камня мира бажовских сказов и уникальный памятник культуры начала XXI века — большие расписные лаковые панно — работы палехских мастеров.

Каждый месяц в музее открываются новые выставки разнообразной тематики по профилю коллекций, проводятся лекции, творческие встречи и мастер-классы.