Открытие состоялось в 1997 году, однако из-за плохого технического состояния здания в 2011-м была проведена масштабная реконструкция, продлившаяся до 2015 года. По состоянию на 2018 г. экспозиция состоит из более чем двух тысяч экспонатов и включает в себя предметы от эпохи палеолита до Нового времени, найденные во время археологических экспедиций на территории Москвы и Подмосковья. Музей входит в состав Музейного объединения «Музей Москвы»