Музей — особенный. Учрежден он и открыт по желанию, велению и при участии самих горожан, с помощью главы города и руководителя отдела по культуре и спорту Пущинской администрации. Весь экспонируемый материал, а он достаточно разнообразен по своему содержанию, был предоставлен нашими согражданами.

А начиналась эта большая работа в недрах Института почвоведения и фотосинтеза АН СССР. В 1989 году к 125-летию со дня рождения великого русского ученого Владимира Ивановича Вернадского на общественных началах был открыт «Эколого-почвенный музей». Первыми экспонатами в нем были биологические объекты — растительные образцы, почвенные монолиты, предоставленные Музеем землеведения МГУ, директором и сотрудниками Института почвоведения и фотосинтеза РАН. В феврале 1990 г. «музей» переместился в помещение Гражданской обороны Института, где многие экспозиции располагаются и по настоящее время. В помещении, не имеющем особых условий, была проведена трудоемкая работа по обустройству как самого помещения в целом, так и экспозиционных залов.
В 1992 году «музей» получил официальный статус — был введен в структуру Института, как научно-вспомогательное подразделение и получил название «Эколого-почвенный кабинет» при Дирекции Института с научным руководителем, доктором биологических наук Б.Н. Золотаревой.

С этого времени эколого-почвенный кабинет проводил формирование фондов, оформлял научные экспозиции, здесь же проходили научные семинары, совещания, школы, экскурсии.
В «подземном» музее за время его существования побывали такие известные люди, как академики Е.М. Велихов, Г.В. Добровольский, А.А. Щербаков (Харьков), депутат Государственной Думы В.П. Лукин, журналист газеты «Комсомольская правда» В.М. Песков, корреспондент газеты «Россия» А.Щербаков, директор Московского Института биохимии, академик А.А. Красновский, венгерский ученый Иштван Сабольч, М.Г. Ушакова (дочь полярного исследователя Г.Ушакова), Нинель Шахова — журналист и телеведущая ТВ Москвы, и многие другие. Многие гости музея оставляли не только свои пожелания в книге отзывов, но и вносили определенный вклад в формирование фондов. Имена всех дарителей (энтузиастов, внесших вклад в развитие музея) заносились в книгу, которая хранится теперь уже во вновь организованном городском музее.

Пущинский музей экологии и краеведения — отражение жизни города. Здесь, как перламутр облекает песчинку, люди собирают и сохраняют крупицы истории. Сберечь прошлое, показать, как оно появляется из настоящего и переносится в будущее — задача, конечно, не только нашего музея.

Музей такого рода — единственный в Московской области.